Secuenciación de ARN
La secuenciación de ARN (ARN-Seq) está revolucionando el estudio del transcriptoma. Una herramienta altamente precisa para medir la expresión a través del transcriptoma, proporciona a los investigadores visibilidad de cambios no detectados previamente que ocurren en estados de enfermedad, en respuesta a terapias, en diferentes condiciones ambientales y en una amplia gama de otros diseños de estudio.
RNA-Seq permite a los investigadores detectar características conocidas y novedosas en un solo ensayo, lo que permite la detección de isotipos de transcripción, fusiones de genes, variantes de nucleótidos únicos y otras características sin la limitación del conocimiento previo.
DATOS GENERALES
RNA-Seq con secuenciación de siguiente generación (NGS) es cada vez más el método de elección para los investigadores que estudian el transcriptoma. Ofrece numerosas ventajas sobre las matrices de expresión génica.
1. Un rango dinámico más amplio permite una medición más precisa de la expresión génica.
2. No está limitado por el conocimiento previo: captura características conocidas y novedosas.
3. Se puede aplicar a cualquier especie, incluso si la secuencia de referencia no está disponible.
4. Mejor costo beneficio, ofrece ventajas a un precio similar o inferior por muestra que muchos arreglos.
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Métodos para secuenciar el ARN
Mide con precisión la abundancia de genes y transcripciones y detecte características nuevas y conocidas en el transcriptoma de codificación.
Este método utiliza dos ensayos diferentes: amplicón dirigido o enriquecimiento específico. El amplicón dirigido mide la expresión génica, la expresión diferencial y la expresión específica de alelos en muchos tipos de muestras. El enriquecimiento dirigido permite la detección robusta de fusiones génicas en muchos tipos de muestras, incluido el FFPE.
Utiliza RNA-Seq profundo para examinar las señales y el comportamiento de una célula en el contexto de su entorno. Este método es ventajoso para los biólogos que estudian procesos tales como diferenciación, proliferación y tumorogénesis.
Puedes secuenciar fragmentos de mRNA protegidos con ribosomas para obtener una visión completa de los ribosomas activos en una célula en un punto de tiempo específico, y predecir la abundancia de proteínas.
Mide con precisión la abundancia de genes y transcripciones y detecte características nuevas y conocidas en la codificación y múltiples formas de ARN no codificante.
Aislar y secuenciar pequeñas especies de ARN, como microARN, para comprender el papel del ARN no codificante en el silenciamiento génico y la regulación postranscripcional de la expresión génica.
Detecta las características tanto conocidas como nuevas del exoma de ARN usando la captura específica de secuencia de las regiones de codificación de ARN. Obten datos de alta calidad de muestras degradadas.
